home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00077 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  50 lines
  1. ************************************************
  2. * Lipoxygenases iron-binding region signatures *
  3. ************************************************
  4.  
  5. Lipoxygenases (EC 1.13.11.-)  are a   class of   iron-containing  dioxygenases
  6. which catalyzes the  hydroperoxidation  of lipids,  containing  a cis,cis-1,4-
  7. pentadiene structure.  They are common in plants where they may be involved in
  8. a  number  of  diverse  aspects  of  plant  physiology  including  growth  and
  9. development, pest resistance, and senescence or responses to wounding [1].  In
  10. mammals a number of lipoxygenases  isozymes  are involved in the metabolism of
  11. prostaglandins  and   leukotrienes [2].  Sequence  data  is  available for the
  12. following lipoxygenases:
  13.  
  14.  - Plant lipoxygenases (EC 13.11.12). Four isozymes from soybean, two from pea
  15.    and two from kidney bean.
  16.  - Mammalian arachidonate 5-lipoxygenase (EC 1.13.11.34).
  17.  - Mammalian arachidonate 12-lipoxygenase (EC 1.13.11.31).
  18.  - Mammalian erythroid cell-specific 15-lipoxygenase (EC 1.13.11.33).
  19.  
  20. The iron  atom  in  lipoxygenases is bound by four ligands, three of which are
  21. histidine residues  [3].  Six  histidines  are  conserved  in all lipoxygenase
  22. sequences, five  of  them  are found clustered in a stretch of 40 amino acids.
  23. This region  contains two of the three zinc-ligands; the other histidines have
  24. been shown [4] to be important for the activity of lipoxygenases.
  25.  
  26. As signatures for this family of  enzymes we have selected two patterns in the
  27. region  of the histidine cluster.  The  first pattern contains the first three
  28. conserved histidines and the second pattern includes the fourth and the fifth.
  29.  
  30. -Consensus pattern: H-[EQ]-x(3)-H-x-[LM]-[NQR]-[GST]-H-[LIVMSA](3)-E
  31.                     [The second and third H's bind iron]
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMA]-H-P-[LIVM]-x-K-[LIVMF](2)-x-[AP]-H
  36. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38.  
  39. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  40.  
  41. [ 1] Vick B.A., Zimmerman D.C.
  42.      (In) Biochemistry of plants: A comprehensive treatise, Stumpf P.K.,
  43.      Ed., Vol. 9, pp.53-90, Academic Press, New-York, (1987).
  44. [ 2] Needleman P., Turk J., Jakschik B.A., Morrison A.R., Lefkowith J.B.
  45.      Annu. Rev. Biochem. 55:69-102(1986).
  46. [ 3] Boyington J.C., Gaffney B.J., Amzel L.M.
  47.      Science 260:1482-1486(1993).
  48. [ 4] Steczko J., Donoho G.P., Clemens J.C., Dixon J.E., Axelrod B.
  49.      Biochemistry 31:4053-4057(1992).
  50.